据说，直接导致熊廷弼被处死的是一本书坊里出售的通俗读物《辽东传》。

晚明时期，市面上呈现一种时事小说，用演义小说的形式，描述刚刚发生的军政大事，好比描写毛文龙的《辽海丹忠录》等，《辽东传》就是这一类的通俗小说。

《三垣笔记》中说，是丁绍轼把《辽东传》献给明熹宗、并用它谗谄熊廷弼。《酌中志》中却有另一种说法，在明熹宗面前谗谄熊廷弼的不是丁绍轼，而是大学士冯铨。因为《辽东传》的四十八回中有一节《冯布政父子奔逃》，写到了冯布、冯铨父子的狼狈形象，让冯铨异常悔恨。于是趁着讲筵的机缘，拿出《辽东传》给明熹宗，说此书是熊廷弼所作，熊廷弼想以此书为本身洗清罪责。

明熹宗闻言大怒，命令处死狱中的熊廷弼。

《明史纪事本末》记实：天启五年八月二十八日五鼓时分，皇帝的驾帖送到牢中。主事张时雍呼吁狱官把熊廷弼骗出来。熊廷弼知道大限已到，仔细梳洗一番，说：“我大臣也，必当拜旨，岂得草草！”

张时雍说：“芝岗兄失陷封疆，应得一死，尚何言？”又看到熊廷弼胸前挂着一只小袋，问里面装了什么工具。

熊廷弼说：“给圣上的谢恩疏。”

张时雍说：“兄没读过《李斯传》吗？囚犯不能给皇帝上书。”

熊廷弼盯着张时雍看了半晌，慢慢说：“这是赵高说的话。”

《三垣笔记》中的描述更让人扼腕：熊廷弼被押到法场时，矗立不跪，刽子手只把刀砍进脖子的一半，然后慢慢切割，硬生生把熊廷弼的头割下来。

据说熊廷弼死后的某一天，丁绍轼在北京的陌头俄然遇到熊廷弼，大为吃惊，回家今后便脑裂而死。另一个谗谄熊廷弼的张鹤鸣，人生的结局也挺惨，后来落到李自成的手里，被倒挂在城门上，逼迫交出所受的贿赂，***是“身首碎裂”。

熊廷弼被斩于西市，传首九边，尸体丢弃在荒原之中，不许收葬。

人死了，熊氏一家的患难还没有竣事，有人指责熊廷弼侵占军资十七万两，又有人说熊廷弼的家产跨越百万。于是魏忠贤假借明熹宗的旨意，要求峻厉追查赃款。熊廷弼的亲人和姻亲因此破产，长子熊兆珪自刎而死，女儿呕血而死。可怜熊廷弼家破人亡！